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265 :名無しさん@お腹いっぱい。[sage]:2018/04/14(土) 14:23:16.03 ID:v8KlKjml - >>214
>たまたま2つの枝でZ1504の突然変異が発生したというだけ >>215 >だからそれほとんど無いから ん?SのM226とか、D2でも見つかってるよ 稀だけど皆無ではないな で、D1aなのにZ1504がある、というのは具体的に Haplogroup D ProjectのInoue氏かな? ただ他のSNPを見る限り D1a1aのSNPである F1182、F1231、F1400、F1709、F1868、F1943、 F2025、F2160、F2238、F2460、F2586、F2715、 F2762、F3077、F3097、F3306 等がことごとく+だから、D1a1aであることは確実 一方、D1bの人達には上記のSNPは見つかってない ということで、Inoue氏と他の日本人Z1504の人達を 統合するような系統樹の改変はないな
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266 :名無しさん@お腹いっぱい。[sage]:2018/04/14(土) 14:29:58.56 ID:v8KlKjml - Z1504についていうとFTDNAではCTS11285(D1b2a2)の中でも一人見つかってるね
ということで、Z1504についてはいずれ削除される可能性大だな
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268 :名無しさん@お腹いっぱい。[sage]:2018/04/14(土) 14:35:10.23 ID:v8KlKjml - >(系統樹の)辻褄が合わない
「辻褄」というのは、「SNPの発生が一回しかない」という前提によるもの もちろん大抵の場合一回なんだが、二回以上発生しないという理由もない また、一回発生したものが、なくなる場合もある 確率的には稀だけど皆無ではない そういう場合には、「辻褄が合わない」とされるSNPを 系統樹作成情報から削除するか、 .1、.2、などの符号をつけて区別するか のいずれかの措置がとられるだろう
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269 :名無しさん@お腹いっぱい。[sage]:2018/04/14(土) 14:44:29.83 ID:v8KlKjml - >>267
別にZ1504を使う必要がないから削除してもいいけどな
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271 :名無しさん@お腹いっぱい。[sage]:2018/04/14(土) 14:47:49.89 ID:v8KlKjml - いずれにしてもD1aとD1bの区別は揺るがないな
これは複数のSNPによって区別されているからな D1bが日本列島に入った時期は D1bを定義するSNPの数の多さからいっても 相当古いと考えざるを得ない
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272 :名無しさん@お腹いっぱい。[sage]:2018/04/14(土) 14:50:04.51 ID:v8KlKjml - >>270
何をいってるのかわからないが 辻褄が合わない時点で削除されるよ そもそも系統樹は永遠に発展途上だし、 完璧を期待するのは無意味 科学ってそういうもんだよ 科学は完璧と思ってるのは素人だけだから
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274 :名無しさん@お腹いっぱい。[sage]:2018/04/14(土) 14:52:59.67 ID:v8KlKjml - >確実なのは遺伝子頻度から見る近縁具合
確実とかいう以前に基準が違うけどね Y染色体だけで見るのと、常染色体の情報まで含めて見るのは、全然別だから 後者のほうが、より「自然」だというならわかるけど その場合、例えば日本人と韓国人の違いはより小さくなるだろうね Y染色体のHG分布のほうが特異なんだよ
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276 :名無しさん@お腹いっぱい。[sage]:2018/04/14(土) 14:56:26.32 ID:v8KlKjml - >>273
いや、使うかどうかは、辻褄があうかどうかだけで決まるよ だから、Z1504がD1aとD1bの双方で現れて、 さらにD1bの中でもZ1504のある人とない人がいる という時点で、使えないと判断されるね どうして辻褄があわなくなったか、いろいろ理由は考えられるけど 系統樹作成の上では、そんな理由は一切詮索せず、 辻褄があわない時点で削除 そんなもんだよ
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277 :名無しさん@お腹いっぱい。[sage]:2018/04/14(土) 15:00:14.38 ID:v8KlKjml - >>275
いや、単にZ1504に関して辻褄があってない、 ということが認識されてないだけかと 認識された時点で削除だな 要は「一回こっきり発生のSNP」という前提が 成り立たないと分った時点で削除 M226の場合と同じだよ。削除されたか それとも.1、.2の符号で区別したかは 定かではないがね
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279 :名無しさん@お腹いっぱい。[sage]:2018/04/14(土) 15:03:18.83 ID:v8KlKjml - >>275
>系統樹作ってる奴と直接情報交換した方がいいよ あなたがすれば?Z1504はD1aでも見つかってるよって 多分、その時点でZ1504は系統樹作成に使えないとして削除されるから
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282 :名無しさん@お腹いっぱい。[sage]:2018/04/14(土) 15:08:45.30 ID:v8KlKjml - >>278
それ斎藤成也氏らの図の話だよね じゃ日本人は8割強渡来人との混血 という主張も認めるんだね 図だけ認めて論文の中身は認めないとか支離滅裂だから
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284 :名無しさん@お腹いっぱい。[sage]:2018/04/14(土) 15:11:03.13 ID:v8KlKjml - >>281
>俺はしてるよ で、Z1504の件はどうする、といったかい? それを書かずに、ここで憶測書いたって無駄だから だってそんなもんいまさら検証できないだろ? 辻褄が合わない時点で削除するしかやりようがない
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285 :名無しさん@お腹いっぱい。[sage]:2018/04/14(土) 15:12:35.50 ID:v8KlKjml - >>283
どうでもいいんなら、 そもそも「遺伝子頻度から見る近縁具合」なんて 持ち出さなければいい 系統樹とは全然別の話だから あなたが云いだしたことであって私が云いだしたことではないよ
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288 :名無しさん@お腹いっぱい。[sage]:2018/04/14(土) 15:16:12.38 ID:v8KlKjml - >あんたが言ってること滅茶苦茶だからw
あんたが云ってることほど無茶苦茶ではないねw 辻褄が合わない例をみつけたんだろ? だったら再編成もクソもない 単に削除するだけ 別にD1bのサブHGにZ1504がぜひとも必要なわけでもない 他に使えるSNPを使ってやればいいだけのこと
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290 :名無しさん@お腹いっぱい。[sage]:2018/04/14(土) 15:17:53.47 ID:v8KlKjml - >>286
何をいいたいのやら Z1504を生かす理由がもはやないでしょ DもしくはD1の定義に入れるというならそれだけのこと 科学ってそういうもんだよ?
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292 :名無しさん@お腹いっぱい。[sage]:2018/04/14(土) 15:20:37.93 ID:v8KlKjml - >>286
・Z1504は使えないから使わない ・常染色体での遺伝子で比較したら、Y染色体より違いが小さくなる 単にそれだけ
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294 :名無しさん@お腹いっぱい。[sage]:2018/04/14(土) 15:23:35.51 ID:v8KlKjml - >>291
そもそも政治に興味ないよ >D1aの一部と繋げるツリーが必要になったんだろうな いや、せいぜいやるとしてもZ1504とやら単により上位に上げるだけでしょ ツリーを改変する動機がない たまたま自分がZ1504+のD1aで、自分は日本人だと強調したい とかいうことでもないかぎりね でもそれ科学とは関係ないエゴだよね
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296 :名無しさん@お腹いっぱい。[sage]:2018/04/14(土) 15:27:32.93 ID:v8KlKjml - >>293
>D1b1a2はD1b2aとかD1b1cと分岐するより >「近い時代」に「中国南部にいるZ1504の人々」 >と分岐した それはないな なぜかというと、あなたのいう「中国南部にいるZ1504の人々」は D1bを定義するSNPを持ってないから 系統樹作ってる人達に聞いたんでしょ? だったらあなたのような身勝手な改変はあり得ないと答える筈だがね 実際、あなたのいう改変はなされてないね 今後もなされないよ
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300 :名無しさん@お腹いっぱい。[sage]:2018/04/14(土) 15:32:24.83 ID:v8KlKjml - >D1b1a2がD1aと共通したSNP持ってるんだから
Z1504だけね >D2a1bやD1b1cより近い可能性あって検証しなくちゃね 旧D2a1bは、新D1b1a2だよ。それともD1b2の書き間違いかな? D1b1a2と、D1b2、D1b1cが共有するSNPは沢山あるよ 分量からいえば、Z1504を捨てるほうが妥当 >問答無用で俺が言ってることが成立する それは貴方の中だけでしょう >ちゃんと検証しなくちゃ 具体的に「検証」って何をどうするつもり? 今、共通するSNPの数が段違いだったという話はしたね それで科学的検証としてはケリがついたよ 嘘だというなら、系統樹を作ってる人に聞いてごらん あなたの言い分は彼らには通用しないけどな
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301 :名無しさん@お腹いっぱい。[sage]:2018/04/14(土) 15:34:41.76 ID:v8KlKjml - >消失がどこで起きたのか検証しなおす
消失がどこで起きて、再発生がどこで起きたかは知らんけど あなたのいうような、D1aから現D1b1a2が突如として分岐する改変はないな
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302 :名無しさん@お腹いっぱい。[sage]:2018/04/14(土) 15:36:09.12 ID:v8KlKjml - >>299
>悪いけど科学に感情や願望持ち込まないでくれる? それ自分にいいなよ
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305 :名無しさん@お腹いっぱい。[sage]:2018/04/14(土) 15:41:57.62 ID:v8KlKjml - >>304
辻褄が合わないんなら削除というだけのことだよ 大したことじゃない むしろD1b1a2を丸ごとD1aにくっつけるほうが 他のSNPの発生状況を無視してる点で無茶苦茶
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309 :名無しさん@お腹いっぱい。[sage]:2018/04/14(土) 15:49:56.43 ID:v8KlKjml - >>306
>若干位置が変わる可能性がありますが大きな変更は無いもの D1aからD1b1a2を分岐させるんなら、重大な変更だがな DもしくはD1でのZ1504の発生 →D1bでの消失 →D1b1a2での再発生 とかいうのを、いちいちトレースしても 系統樹の変更にはつながらない
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311 :名無しさん@お腹いっぱい。[sage]:2018/04/14(土) 15:54:07.27 ID:v8KlKjml - >>308
D1aでZ1504+の人が多数いる、としても それは、2つの独立な発生、もしくは、発生、消失、再発生 の可能性を示しているだけかと思う 確率としては前者のほうがまだ高いかな いずれにしても稀といえば稀だが、0ではない 実際、他にそう考えられる例は、複数見られるから 大騒ぎするほどのことではない
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312 :名無しさん@お腹いっぱい。[sage]:2018/04/14(土) 15:57:16.02 ID:v8KlKjml - >>310
いや、はじめに系統樹改変と大騒ぎしたのはあなた 私は「たかだかZ1504だけなら、そんなことあり得ない」といったまで D1bに関係するSNPがどれだけあるか調べたかい? ttps://docs.google.com/spreadsheets/d/1y8RwZAbBlJPAnZHC9WenR6gjcH9BjSG7QprLgbgxnoA/edit#gid=0
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314 :名無しさん@お腹いっぱい。[sage]:2018/04/14(土) 16:03:41.64 ID:v8KlKjml - D1aのInoue氏はD1a1a1らしいが中国南部の人はD1a1a2らしい
つまり、D1aの枝でのZ1504の発生時期は相当古い 一方で、D1b1a2でのZ1504の発生時期は新しいと思われる
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316 :名無しさん@お腹いっぱい。[sage]:2018/04/14(土) 16:07:49.38 ID:v8KlKjml - >>313
>なんかそのSNP全部持ってないと成立しないって勘違いしてない? 全部ではないとしても大半は共有している >いくつかは消失していてほとんど無くても >1つあればこの枠に入れちゃおうって >思想のもとに出来てるんだぜ 全くの誤解 「ほとんど無い」「1つしかない」という状況で 「この枠にいれちゃおう」ということはない むしろ 「いくつかは無い」「大半はある」という状況で 「この枠にいれておこう」という判断 例えばInoue氏の場合Z1504よりも、 D1a1aの多くのSNPのほうが 優先されている
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318 :名無しさん@お腹いっぱい。[sage]:2018/04/14(土) 16:13:17.78 ID:v8KlKjml - >>315
>灰色で定義付けられてるSNPもしゃーなしで選んだだけだよw 系統樹作成者とちゃんと会話できてる? 灰色のSNPは、まず一人のサンプルから見つかったというレベル 二人以上のサンプルから見つからない限りは、黒色に昇格しない D1b1a2b1a1a以下で、灰色のSNPが多いのはそういう理由 今後同じSNPを持つ人が現れた場合のチェック用に挙げている HP「ハプログループD1b」にそういうことはちゃんと書いてあるけどな 確かCTS10495とCTS11285はそういう経緯で黒色に昇格した筈
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319 :名無しさん@お腹いっぱい。[sage]:2018/04/14(土) 16:15:23.41 ID:v8KlKjml - >>317
あなたと他の人の間に齟齬があるだけですよ 共通するSNPの数による優先度の判断は 科学的(というか数学的)には当然のことですよ あなたが確率論に疎いだけでしょう
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322 :名無しさん@お腹いっぱい。[sage]:2018/04/14(土) 16:30:05.91 ID:v8KlKjml - >>202
>D-Z1504はD1a1に共有してる人が中国南部に複数に居て、 まず「D-Z1504」ではなく、Z1504 >しかもSTRで見ると共通祖先遠い(それでも他のSNPと比較すると近い)から >発生時期が今考えられてるより多分古いんだよね。 D1a1の枝でのZ1504の発生時期が古いだろう という主張については、今のデータから見る限り そう判断するのが妥当だろう >でも日本にいる現D2a1b以下はD-Z1504を共有していない。 現D2a1bではなく、現D1b1a2ね あと、ここでも、D-Z1504ではなく、Z1504 D1b1a2で、Z1504を持たない人がいるのはその通り >これがD1b1a2と近い大陸のDの祖型、この父系は >「朝鮮半島を経由せず」南方から来たことを >強く示唆してるし、系統樹が新たに変わるんじゃないかと思ってる。 ここが違う。 D1a1のZ1504+の人たちと、D1b1a2のZ1504+の人達では 相違するSNPの数が多い したがって、両者をまとめて1グループとすることはできない D1a1で、Z1504+の人が多数いる、というのは重要な発見だが そこから、D1b1ab1a1(=D-Z1504)の枝分かれの場所を 変更するということにはならない Z1504一つの共通性のために、 D1bの多くのSNPの相違性を無視する というのは、まったくおかしな態度である
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323 :名無しさん@お腹いっぱい。[sage]:2018/04/14(土) 16:36:20.23 ID:v8KlKjml - >遠距離の違う枝と定義していたものに見つかってしまった場合
>・どの枝で何が消失したのか >・偶然独立して平行に発生したのか(天文学的確率) >を検証しなくちゃならない 必要ない そもそも「消失し(なおかつ再発生し)た」のではなく 「2か所で独立に発生した」確率のほうがまだ高い その確率を見積もる必要はない 実際にそういう事例が発生したと認識するだけでいい いかほど小さい確率であろうと0でないし、現に起きているわけだから >あんたは天文学的確率を可能性高い高いつって言ってて笑えるだけだよ 「高い」と聞こえたならそれは幻聴だな ゼロではないから決して起きないとは言えない、といっただけ それは「高い」という意味ではない そういう事例が現に発生したと認識するだけで、 系統樹作成の情報から削除するには十分だ >D1bやD1aを定義付けるマーカーを持っていながら >どちらかが消失した可能性まである 「マーカー」(=SNP)は一つでなく多数ある 多数のSNPがごっそり消失するほうが、 1つのSNPが消失するよりはるかに確率が小さい
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324 :名無しさん@お腹いっぱい。[sage]:2018/04/14(土) 16:40:06.19 ID:v8KlKjml - >そこ数学じゃないんだよね
そこ数学なんだよね >ちゃんとトレースして作られてるよ 何をどうトレースするのかな? トレースできるのは共通するSNP、相違するSNPの数だけだよね そして、その大小によって、どちらのグループに含めるのが妥当か判断する それ以外に何の判断基準があるの?ないよね 口から出まかせのウソをいってるのはあなたのほう 系統樹作成者と会話してるなら >>313のようなデタラメなこととは言えない
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329 :名無しさん@お腹いっぱい。[sage]:2018/04/14(土) 17:03:50.96 ID:v8KlKjml - >>325
>特徴的なSNPだけ抽出してヒットするか否かだけまず見るんだよね それははじめの見当づけでしょう >分類が行き詰まったらそこで初めて >他のデータと参照しながら >SNPsの共有を調べて定義付けていく BIG-Y実施者の分類なら、当然多数のSNPについて調べてますから はじめから共有状況を見て定義します そうしないのはサボり >俺が見てきた中でここまで下位にいって定義付けたSNPが >他で同時に発生した事例は俺が見た範囲では一度も無いんだよ 貴方が見た範囲が狭いだけでしょう Y-DNAのSNPの一覧を見たことあれば、 同時発生の事例はいくらもありますよ >滅多に変化しにくいと考えられている部位の >特徴的な変化を優先的に見てるからね 貴方が勝手にそう思い込んでるだけでしょう そもそも部位別のSNPの発生確率なんて分りません 分かりようがないものを優先することもできません >俺は99%同時多発じゃないと考えているけど 1%もあるなら十分高い もちろん、実際の確率は1%よりも全然低いけど、ないとはいえない 数万以上もあるSNPのうち、同時多発するSNPが皆無というのは逆に不自然 >万が一そうなら ・・・は間違いになるかもね。 >ただ前例が無いから俺がそう思ってるだけでな。 前例はいくらもあります。あなたがご存じないだけですよ。
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330 :名無しさん@お腹いっぱい。[sage]:2018/04/14(土) 17:08:51.37 ID:v8KlKjml - >>325
>D1aとD1bのSNPの違いからって話だけれど >D1とD2が分かれた時期にZ1504を持っていたのが >D1の一部が消失してそれが違うグループになった可能性もあって ないとはいってませんよ ただ、 発生→サブグループでの消失→さらにサブグループでの発生 というイベントは 二つの枝での同時発生 というイベントより、さらに確率が小さいということです そもそも、あなたが>>202で述べた系統樹変更は Z1504のみならず、D1a、D1bに関わるSNPの消失 を伴うのでさらに発生確率が小さくなります あなたが何をどうトレースするつもりかわかりませんが はっきりいってあなたの主張を正当化する方法はないでしょう
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331 :名無しさん@お腹いっぱい。[sage]:2018/04/14(土) 17:12:07.98 ID:v8KlKjml - >>326
>前後の様態を見られる生データ 生データをどうみれば、あなたのいう「前後の様態」が分かるんですか? はっきりいって、分かりようがないでしょう。 >>327 >完全な言葉遊び あなたがそういう態度で語っているのならもうやめたほうがいいですね これは言葉遊びではないのですよ >本当に仕事でやってるんだな・・・ 系統樹の作成は立派な仕事だと思ってます 政治的宣伝の道具ではないでしょう
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333 :名無しさん@お腹いっぱい。[sage]:2018/04/14(土) 17:17:28.71 ID:v8KlKjml - 端的にいえば、Z1504という一つのSNPが、D1a1とD1b1a2という
異なるグループに現れたというのは、別に大した話じゃない ということです
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335 :名無しさん@お腹いっぱい。[sage]:2018/04/14(土) 17:20:18.52 ID:v8KlKjml - >ISOGGはボランティアだけどハードだよ
そう思いますよ KIiz8Rza氏は、ISOGGのツリー作成者と会話したことないと思いますね あまりにも発言がいい加減すぎます ISOGGのツリー作成を舐めているとしか思えませんね
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340 :名無しさん@お腹いっぱい。[sage]:2018/04/14(土) 17:54:54.07 ID:v8KlKjml - >>336
>変異率を示す全ゲノムの地図情報 >俺の生データ扱うソフトにはついてる >SNPを定義づける特定部位の前後部分を比較検証します なんか、全然見当違いな方向に向かってるな そもそもZ1504だけに固執して、他のSNPを無視してる時点で 口から出まかせのハッタリ君なのは明らかなんだがな >具体的な内容は説明はしません 口から出まかせだから、説明できないですよね そもそも方向からして間違ってるので無意味ですよ
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341 :名無しさん@お腹いっぱい。[sage]:2018/04/14(土) 18:02:25.46 ID:v8KlKjml - >俺はY染色体での前例を聞いたことがない
例えばM226がそうですよ SとDで見つかってます 今はM226.1とM226.2という形で分けてますが SNPとしては同じものです https://isogg.org/tree/ISOGG_YDNA_SNP_Index.html にリンクされてるINDEXのシートを調べれば 他にも同様の例が見つかるでしょう
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343 :名無しさん@お腹いっぱい。[sage]:2018/04/14(土) 18:06:49.02 ID:v8KlKjml - >>342
>だから早くいくらでもある前例を教えてくれよ・・・ >>341に書きましたよ ISOGGにあるSNP INDEX一度も見たことないのに 解析とかなにやるんだろう
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344 :名無しさん@お腹いっぱい。[sage]:2018/04/14(土) 18:12:16.07 ID:v8KlKjml - >自分の属性を明かすような情報に繋がるから言う気も必要も感じてない
あなたの発言の見当違いっぷりで あなたが遺伝情報に関して 全くの素人であることは明らかですが
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346 :名無しさん@お腹いっぱい。[sage]:2018/04/14(土) 18:15:50.43 ID:v8KlKjml - >>345
玄人なら>>341のリンクの情報から分かる筈ですよ だいたいフィリピンのDについて散々騒ぎになった M226の件をまったくご存じない時点で モグリだとわかります
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348 :名無しさん@お腹いっぱい。[sage]:2018/04/14(土) 18:23:58.88 ID:v8KlKjml - >>347
そうですね こんなことはSNPを知ってる人なら周知かと思ってましたが・・・
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350 :名無しさん@お腹いっぱい。[sage]:2018/04/14(土) 18:40:05.51 ID:v8KlKjml - >>349
パラノイアかどうかは知りませんが、D1a1のZ1504について あれだけ熱く語るところからして・・・
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352 :名無しさん@お腹いっぱい。[sage]:2018/04/14(土) 18:47:39.02 ID:v8KlKjml - >>351
>同じハプログループ内・・・ そもそもアルファベットの付け方自体が恣意的なんだがな Dは発生時期が古いから、そもそもD1aとD1bは、 QとRみたいに、もうアルファベットだけで区別してもいい 位の違い
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354 :名無しさん@お腹いっぱい。[sage]:2018/04/14(土) 18:53:18.94 ID:v8KlKjml - さて、そろそろ話題を変えるか
https://www.yfull.com/tree/D/ を見ると、チベットやカザフや中国のD1aより アンダマン島人の方が日本人に近いらしい これはこれで何気に驚きの結果だな
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357 :名無しさん@お腹いっぱい。[sage]:2018/04/14(土) 19:01:22.20 ID:v8KlKjml - >>354
これだけみると、Dはスンダランド経由の 南周りルートで日本列島に入って来た のかもしれんと思うわな 一方でフィリピンのDは他のDとは隔たってるし それはそれで別に考えればいいだけかもしれんが
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359 :名無しさん@お腹いっぱい。[sage]:2018/04/14(土) 19:51:14.66 ID:v8KlKjml - >>354
よく見ればアンダマン島人Dと日本人D1bに共通するのはZ3660だけらしい これはこれでビミョウだな
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360 :名無しさん@お腹いっぱい。[sage]:2018/04/14(土) 20:00:55.53 ID:v8KlKjml - >>354
アンダマン島人に共通するSNPはY34637らしいが Ray Banks氏はD1cとしてるな・・・表記は灰色のまま https://docs.google.com/spreadsheets/d/1y8RwZAbBlJPAnZHC9WenR6gjcH9BjSG7QprLgbgxnoA/edit#gid=0
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